אולי בגלל שאלו שנמצאים בעמדות סמכות וגם הציבור הרחב בעולם הנוצרי המערבי נתנו לדת לעתים קרובות הגדרה צרה על פי הדגם המוּכּר של המסורת המקובלת של הנצרות האורתודוקסית, דתות חדשות, במהלך ההיסטוריה הממושכת, ספגו לעתים קרובות התנגדות חריפה. כמובן, זה מתחיל עוד לפני היווסדותה של הנצרות עצמה. בעולם הרומי, הנוצרים הקדמונים היו בעצמם חשופים להאשמות שעדיין מוּכּרות – הנוצרים הואשמו, ללא כל הוכחה, בפירוק משפחות; הואשמו במניעים של תאוות בצע; נאמר עליהם שהם עורכים אורגיות; והוכרז עליהם שהם מנסים להסתנן לאליטות חברתיות ברדיפה אחר מטרות פוליטיות זדוניות. האופי הבלבדי של הנצרות משך אליו ההאשמות מסוג זה, אבל אותה התכונה עצמה, ביחד עם הלהט להמיר את דתם של אחרים, הפכה את הנצרות עצמה לאמצעי שאין כדוגמתו לביטוי של חוסר סובלנות דתית, שהתמיד, בכמה מדינות ובמידה זו או אחרת, עד לזמנים המודרניים. כך הקווייקרים נרדפו בצורה אלימה על-ידי בני-הסמכא באנגליה של המאה ה-17, כשרבים מהם נכלאו אך ורק משום הודאתם באמונותיהם הדתיות. המתודיסטים, כדת חדשה באנגליה של המאה ה-18, הותקפו והוכו וכמה מהקאפלות שלהם נהרסו, לעתים בעידודם או אפילו בהסתתם של שופטים מקומיים. בסוף המאה ה-19, צבא הישועה היה נתון למהומות שבהם נהרגו כמה מהחברים בו באנגליה, בזמן שבשווייץ הם הואשמו בפומבי ברמאות ובניצול פיננסי, והמורמונים, שלעתים נכלאו כאשר ביקשו לגייס חברים חדשים בסקנדינביה, סבלו מהאשמות דומות. ההיסטוריה מתעדת באופן בולט את ההתנגדות לצורות חדשות של ביטוי דתי ורוחני אפילו בארצות דמוקרטיות יותר ולכאורה סובלניות יותר בעולם המערבי. כנגד התיעוד ההיסטורי הזה, עומדות בסתירה חריפה ההחלטות מהעת האחרונה של גופים בינלאומיים, שדרשו ממדינות להפגין ולעודד סובלנות דתית.