בניגוד לזכות המוחלטת ללא תנאי להחזיק בדת או באמונה, החופש להפגין את דתו או אמונתו של האדם באמצעות פולחן, קיום מצוות, עיסוקים דתיים והוראה עשוי להיות כפוף להגבלות מטעם המדינה, אבל "על חירותו של אדם להפגין את דתו או אמונתו יכולות לחול רק ההגבלות שמעוגנות בחוק ושנחוצות כדי להגן על שלום הציבור, הסדר, הבריאות או המורל הציבוריים או על הזכויות או החירויות של אחרים".[38] הגבלות מכל סיבה אחרת, כגון ביטחון לאומי, הן אסורות.
להגבלות האלה ניתן פירוש קפדני במסגרת תקנים בינלאומיים מחמירים. מדינות חייבת לפעול מתוך החובה להגן על הזכות המובטחת של חופש הדת, לרבות הזכות לשוויון ולאי-אפליה. ההגבלות המוטלות חייבות להיות מעוגנות בחוק ואסור שיהיו מיושמות באופן שמערער את הזכות לחופש הדת.
ועידת זכויות האדם ובית-הדין האירופי לזכויות האדם הנחו פקידי ממשל "להישאר ניטרליים וחסרי פניות" בעניינים דתיים, והם לא ששים להסכים לקבל שום הגבלות על דת, כשהם בוחנים את כל האמצעים השנויים במחלוקת "בדיקה קפדנית ומדוקדקת".[39] הגבלות יכולות לחול רק על אותם מקרים ספציפיים שעבורם הן נוסחו, והן צריכות להיות קשורות בקשר ישיר ולהיות ביחס מתאים לצרכים הספציפיים שהן נועדו לטפל בהם במקור. חל איסור להטיל הגבלות למטרות אפליה או ליישם אותן באופן מפלה. כל הגבלה על החופש להפגין דת או אמונה למטרת הגנה על ערכי המוסר חייבת להיות מבוססת על עקרונות שלא נובעים ממסורת יחידה בלבד. [40]
[38] האמנה הבינלאומית בדבר זכויות אזרחיות ופוליטיות, סעיף 18 (3), האמנה האירופית לזכויות האדם סעיף 9 (2).
[39] מונוסאקיס ואחרים נגד יוון, (59/1995/565/651), 26 בספטמבר 1996, ¶ 44, הערה כללית 22 של ועידת זכויות האדם של האומות המאוחדות, ¶ 8.
[40] הערה כללית 22 של ועידת זכויות האדם של האומות המאוחדות, ¶ 8, הכנסייה המטרופולינית של בסרביה ואחרים נגד מולדובה (נספח 45701), 2001.
