אפליה דתית אסורה תחת החוק הבינלאומי לזכויות האדם. אסור ששום אדם או קבוצה יופלו על-ידי שום מדינה, מוסד, קבוצה של אנשים, או אדם מטעמים של דת או אמונות אחרות. זה כולל כל נטייה לאפליה כנגד כל דת או אמונה מכל סיבה, כולל העובדה שהן נוסדו לאחרונה, אינן כוללות אמונה באל, אינן מסורתיות או מייצגות מיעוטים דתיים. [23] אפליה בין בני אדם מטעמים של דת או אמונה מהווה עלבון לכבוד האדם ומתכחשת לזכויות האדם והחירויות הבסיסיות שעליהן הוצהר במגילת הזכויות של האו"ם. היא גם מהווה מכשול ליחסי ידידותי ושלום בין אומות. [24] על המדינות חלה חובה לנקוט פעולות אפקטיביות כדי להגן על כל האנשים בתחום שיפוטן מאפליה מטעמים של דת או אמונה, לא משנה מהן הסיבות שניתנות לאפליה כזו. זה כולל את המחויבות לבטל את תוקפה של חקיקה מַפְלה וליישום חקיקה המגנה על חופש הדת או האמונה בכל תחומי החיים, לרבות זכויות אזרחיות, כלכליות, פוליטיות, חברתיות ותרבותיות. כמו כן, מדינות חייבות לחסל קווי מדיניות ומנהגים רשמיים אשר תורמים לאפליה כזו. [25]
בית-הדין האירופי לזכויות האדם החליט שהזכות לחופש הדת מחייבת ניטרליות מוחלטת מצד המדינה. חובה זו דורשת מהמדינה להימנע מלקחת חלק במחלוקות דתיות, ולהימנע מלהביע העדפה דתית כלפי קבוצות דתיות או חילוניות מסוימות על פני קבוצות אחרות.
בית-הדין לזכויות האדם גם אוסר על המדינה לפרש מחדש, לפרש בצורה שגויה, להעריך או לבחון אמונות דתיות או את צורות הביטוי של האמונות האלה. למשל, בתיק המשפטי של הכנסייה המטרופולינית של בסרביה ואחרים נגד מולדובה, (13 בדצמבר 2001), בית-הדין לזכויות האדם פסק כדלהלן:
למדינה, כשהיא מממשת את העוצמה הרגולטורית שלה בתחום הזה ביחסיה עם הדתות, הפלגים והאמונות הדתיות השונות, יש חובה להישאר ניטרלית וללא משוא פנים. מה שמונח כאן על כף המאזניים הוא שימור הפלורליזם והתפקוד הנאות של הדמוקרטיה. ראה חסן חאש נגד בולגריה, נספח מס' 30985/96 (26 באוקטובר 2000 § 78).
בנוסף, בית-המשפט מציין שבעיקרון הזכות לחופש הדת בכל הנוגע למנהגים אוסרת על המדינה לבחון את הלגיטימיות של אמונות דתיות או את הדרך שבה אמונות אלו מבוטאות.
[23] ההכרזה של האו"ם על מיגור כל הצורות של חוסר סובלנות ואפליה המתבססות על דת או אמונה מ-1981, סעיף 2, הערה כללית 22 של ועידת זכויות האדם של האומות המאוחדות, ¶ 2.
[24] ההכרזה של האו"ם על מיגור כל הצורות של חוסר סובלנות ואפליה המתבססות על דת או אמונה מ-1981, סעיף 3.
[25] כנ"ל, סעיף 4; הערה כללית 22 של ועידת זכויות האדם של האומות המאוחדות, ¶ 2.