נראה שמגוון של דאגות שונות עורר התנגדות לסיינטולוגיה, כולל כאלה שבדרך כלל מתעוררות ביחס לדתות חדשות באופן כללי.
ראשית, ייתכן שסיינטולוגיה מעוררת חשד משום שהיא טוענת שהיא מסיקה תובנות רוחניות מתוך היישום של נהלים רציונליים. בדרך כלל אלה שעוסקים בדת מסורתית מתייחסים לערכים דתיים ככאלה שמתעלים מעבר לתחום הרציונלי, והם עשויים להיעלב מהרעיון שניתן להגשים אמיתות דתיות או הישגים רוחניים על-ידי אמצעים טכניים, אמצעים אחרים מאשר התפיסות המקודשות שלהם בנושא פולחן דתי ומוסריות. נהלים רציונליים ולימוד שיטתי מאפיינים את המדע, הטכנולוגיה, והכלכלה, ולא את החיפוש אחר אמת דתית עתיקה או חוויה רוחנית. בשל העובדה שסיינטולוגיה משלבת שאיפות רוחניות עם אמצעים רציונליים וטכניים (ואכן טכנולוגיים), אלה שמסורים לדת מבוססת נוטים לגנות אותה בתור דת שאינה "אמיתית". הם מתייחסים אליה כמשהו מזויף משום שהיא משתמשת בידע מודרני במקום בנוסחאות עתיקות, מצמצמת למינימום או מוותרת לחלוטין על מושגים דתיים כגון קדושה וטקסים, ומאמצת גישה מעשית לשם השגת מטרות דתיות. אם מתעלמים מהמידה שבה נתינה ותרומה דתית נחוצות לכל הארגונים הדתיים, הם גם רואים שבסיינטולוגיה חברי הקהילה נדרשים לשלם את העלות של הדרכתם, וזה בעיניהם משהו שהוא יותר מדי מסחרי, יותר מדי עניין של תשלום עבור שירותים מכדי להיות מתאים לדת. לכן, ההסדרים הכספיים של סיינטולוגיה מוצגים ככאלה שגורמים לניצול, ומכאן שהם פוסלים את התנועה הזאת בתור דת. אולם, אלה שמביעים ביקורת כזאת אינם רואים שבכנסיות מבוססות קיימות דרישות חובה שחברי הקהילה ישלמו כספים באופן בלתי נמנע, כמו התשלום עבור המיסה בכנסייה הקתולית, בבריתות המבוססות של כמה זרמים של הכנסייה הפרוטסטנטית, או בתשלומי מעשר שנגבו בעבר על-ידי כנסיות מרכזיות, ועדיין נגבים באינספור כתות נוצריות. הכספים האלה שנגבים נראים מסוג שונה רק משום שנוהלי התשלום הם מקודשים, לעתים קרובות בשל מנהג עתיק או על-ידי צו תנ"כי. מותחי הביקורת על ההסדרים הכספיים של דת הסיינטולוגיה מתעלמים מהדמיון הפונקציונאלי היסודי של הנהלים הכספיים בדתות המסורתיות פשוט משום שצורת התשלום בהן שונה, ומשום שהם עתיקים ועוטים על עצמם מעטה של קדושה.
שנית, סיינטולוגיה מבטיחה תועלת תרפויטית של שחרור אנשים מההשפעות של חוויות טראומתיות מהעבר. ההבטחה הזאת עשויה להיראות לעוסקים הרגילים במקצוע הפסיכיאטריה כקריאת תיגר הן על ההנחות התיאורטיות של הפרקטיקה שלהם, והן במיוחד על הטכניקות שבהן הם משתמשים. לכן, סביר ששתי קבוצות של אנשי מקצוע, אנשי דת ופסיכיאטרים, שאפשר לומר שיש להם אינטרס בנושאים האלה, יעוררו התנגדות לסיינטולוגיה, כשלכל קבוצה יש מעגל רחב יותר של עמיתים למקצוע (מורים ורופאים, לדוגמה) ושל ציבור רחב שעליהם הם יכולים להשפיע.
שלישית, כמה מאלו שעוסקים בסיינטולוגיה מחליטים לעבור הכשרה נוספת כדי להפוך לאודיטור מוסמך של סיינטולוגיה, כשהם זונחים הזדמנויות תעסוקתיות שגרתיות יותר. הורים, קרובי משפחה וחברים שאינם חלק מסיינטולוגיה עלולים לראות החלטה כזאת כמשהו מדאיג. אם כתוצאה מבחירה דתית כזו מתרחש ריחוק מבני המשפחה ומחברים, כפי שכך קרה לעתים, זה מספק תחמושת נוספת לאלה שמתנגדים לדת החדשה הזאת – היא הופכת, בעיניהם, ל-"כת שמפרקת משפחות".
בניגוד לכך, דת הסיינטולוגיה טוענת שניתן להגיע להישגים רוחניים בתקופת החיים הנוכחית. היא טוענת שכל האנשים הם טובים מטבעם, והיא מלמדת שכל אחד צריך לקחת אחריות על החיים האישיים שלו ועל פעילויותיו.
רביעית, היבט רחב יותר ושכיח של העקרונות התרבותיים של סיינטולוגיה עלול לעורר התנגדות נוספת. הנצרות המסורתית יורשת גישה רחבה של סגפנות כלפי העולם, והיא מטפחת, הרבה מעבר לתחומי הכנסיות או הקהילות שלה, הנחות לגבי האופי החיוני של דת אמיתית, והן שדת צריכה להיות רצינית, מטפחת עיקרון של סגפנות, ומחויבת להקרבת הנוחות של העולם הזה לטובת הכנה לגמול בחיים הבאים. היא עסקה ללא לאות בהחדרה של תחושות חטא מולד ואי-יכולת להשיג גאולה בצורה עצמאית. במקום זאת, אנשים היו מחויבים להסתמך אך ורק על מושיע – אלוהים. בניגוד לכך, דת הסיינטולוגיה טוענת שניתן להגיע להישגים רוחניים בתקופת החיים הנוכחית. היא טוענת שכל האנשים הם טובים מטבעם, והיא מלמדת שכל אחד צריך לקחת אחריות על החיים האישיים שלו ועל פעילויותיו. עבור הדתות, דת שדוחה את החטא המולד של המין האנושי היא כבר עלבון, אבל קריאת התיגר הזאת אינה פחות חמורה בשל העובדה שהעיקרון שסיינטולוגיה דוגלת בו קרוב הרבה יותר לאתוס השורר בעולם המערבי החילוני של שלהי המאה ה-20, אתוס של נהנתנות מתירנית, תוך הדגשת האושר האנושי ועידוד אנשים לממש את מלוא הפוטנציאל שלהם. גם אנשים רבים שאינם דתיים, בעלי גישה חילונית ונהנתנית כלפי העולם, אינם מוכנים בקלות להכיר בכך שדוקטרינה שזונחת את הגינוי המוחלט של כל המין האנושי כחוטאים היא דת, ולמרות שהם לא תומכים בצורה מודעת בעמדה של הנצרות, הם מתנגדים לדת ששונה מהנצרות בנושאים הבסיסיים האלה. לכן, משום שיש אנשים שעדיין לא מוכנים לוותר על הגישה המסורתית כלפי העולם, ומשום שאחרים מאמינים, למרות שהם עצמם לא מסכימים עם כך, שזה עניין דתי לעשות כזה ויתור, הרי שחלקים שונים מאוד של הציבור הרחב מביעים יחדיו התנגדות לדת הסיינטולוגיה החדשה.
