באופן הדומה לכל דת הידועה לי, לסיינטולוגיה יש חיי קהילה וארגון דתי המתפקדים הן כדי לשמר ולבטא את מערכת האמונות, והן כדי לטפח את העיסוקים הדתיים. במונחים דתיים, דת הסיינטולוגיה היא בעלת מבנה היררכי ולא מבנה קהילתי. דתות קהילתיות מפעילות סמכות על-ידי בחירת אנשי דת, קיום הצבעות על שינויים במערכת האמונות, במנהגים הדתיים וכן במדיניות הדתית. רוב הקהילות הפרוטסטנטיות בארצות-הברית הן בעלות מבנה קהילתי מבחינה פוליטית. ניתן לומר שמקור הסמכות הוא מלמטה כלפי מעלה. לעומתן, דתות היררכיות מפעילות סמכות על-ידי מינויים והאצלת סמכויות מלמעלה כלפי מטה, בין אם זה מדמות דתית מרכזית כמו האפיפיור בנצרות הקתולית והדלהי לאמה בבודהיזם הטיבטי, או מגוף ניהולי מרכזי כמו מועצת הבישופים או מועצת הבכירים. המחקר שערכתי לגבי דת הסיינטולוגיה הראה לי שדת זו פועלת לפי מבנה פוליטי היררכי קלאסי.
לסיינטולוגיה יש חיי קהילה וארגון דתי המתפקדים הן כדי לשמר ולבטא את מערכת האמונות, והן כדי לטפח את העיסוקים הדתיים.
אתאר כאן סיכום קצר של המבנה הארגוני של דת הסיינטולוגיה. ל. רון האברד, שנפטר בשנת 1986, היה ונותר המקור היחידי לדוקטרינה הדתית של סיינטולוגיה ולטכנולוגיה שלה, כולל רמות ה-OT הגבוהות. הסמכות הדתית הגבוהה ביותר בדת הסיינטולוגיה היא כנסיית הסיינטולוגיה הבינלאומית (CSI, ראשי תיבות של Church of Scientology International) והמרכז לטכנולוגיה דתית (RTC, ראשי תיבות של Religious Technology Center). CSI היא כנסיית האם ותפקידה המרכזי הוא להפיץ את עיקרי אמונת הסיינטולוגיה ברחבי העולם. התפקיד החשוב ביותר של RTC הוא לשמר, לקיים ולהגן על טוהר הטכנולוגיה של סיינטולוגיה ולהבטיח מתן שירות אתי ונאות בהתאם לעקרונות הדת. RTC מתפקד בצורה דומה מאוד ל-'מועצה לדוקטרינת האמונה' בכנסיה הקתולית.
ארגון המרכזים הבינלאומי (SMI, ראשי תיבות של Scientology Missions International) מתפקד ככנסיית האם למרכזי סיינטולוגיה ברחבי העולם. מבנה זה דומה למבנה הכנסייה הראשונה של 'כנסיית המדע הנוצרי' בבוסטון, המשמשת גם היא ככנסיית אם לכל כנסיות המדע הנוצרי האחרות. RTC הוא גם הערכאה העליונה והסופית לערעורים בכל הנוגע למחלוקות הקשורות לדוקטרינה בסיינטולוגיה, כפי שהוותיקן והמועצות שלו הם הערכאה העליונה לערעורים בנצרות הקתולית.
עלי להזכיר כאן גם את הארגון הימי. הארגון הימי מורכב מחברי דת הסיינטולוגיה המתחייבים לשרות "למשך מיליארד שנים", התחייבות המסמלת את החלטתם לשרת את הדת בתקופת החיים הנוכחית ובאינספור תקופות החיים בעתיד. הארגון הימי הפך עבור סיינטולוגיה למה שמהווה המסדר הישועי לגבי הנצרות הקתולית. כמעט כל מנהיגות דת הסיינטולוגיה מגיעה משורות הארגון הימי.
סיינטולוגיה מתארת את עצמה לעתים כ-"פילוסופיה דתית יישומית". יש שהשתמשו בהגדרה זו כדי לטעון שסיינטולוגיה אינה דת. אולם, כפי שצוין לעיל, המחקר שערכתי על תורת הדת וכן ראיונות שערכתי עם חברי הדת, מראים שלסיינטולוגיה יש את כל הסימנים המשותפים לדתות ברחבי העולם ובכל מהלך ההיסטוריה: מערכת אמונות מעוצבת היטב, עיסוקים דתיים הנשמרים לאורך זמן, ומבנה דתי היררכי. יתרה מכך, למילה "פילוסופיה" יכולות להיות מספר משמעויות והיא אינה לחלוטין בלתי תואמת למילה "דת". משמעותה המילולית של 'פילוסופיה' היא "אהבת החוכמה", וכל דת הידועה לאנושות מטיפה לסוג מסוים של "חוכמה" או תובנה לאמת עליונה. ראיונות שערכתי עם סיינטולוגים הראו שהם מחשיבים את המילה "פילוסופיה" כהתייחסות למשמעות העליונה של החיים והיקום במובן הדתי של המילה. ה-"פילוסופיה" של סיינטולוגיה תלויה באמונה שהנשמה היא בת אלמוות ויש לה ייעוד נצחי. בהשתמשה במונחים פילוסופים ובהדגישה את יישום תורתה, סיינטולוגיה בוודאי אינה שונה מכל דת אחרת הידועה לי. דת נקשרת תמיד לפילוסופיה. בעבודתו הגדולה 'מכלול התאולוגיה' (Summa Theologica) משתמש סנט תומאס אקווינס, התיאולוג הגדול ביותר בהיסטוריה של הנצרות הקתולית, באינספור רעיונות, מונחים ומבנים פילוסופיים שהושאלו מהפילוסוף היווני אריסטו, והוא דוחף ליישום מוסרי של אותם מונחים "פילוסופיים", אך אף אחד לא יסווג את העבודה הזאת כדבר כלשהו מלבד מחקר דתי ברמה הגבוהה ביותר. המשפט "פילוסופיה דתית יישומית" לא פוגע כהוא זה במעמדה הלגיטימי של סיינטולוגיה כאמונה דתית במובן הרחב ביותר של המילה.
המחקר שערכתי על תורת הדת וכן ראיונות שערכתי עם חברי הדת, מראים שלסיינטולוגיה יש את כל הסימנים המשותפים לדתות ברחבי העולם ובכל מהלך ההיסטוריה ...
דתות המערב – במיוחד יהדות, נצרות ואסלאם – היו באופן מסורתי בלעדיות בטבען. כל דת טוענת שהיא האמונה האמיתית היחידה בשל הדברים הייחודיים שלה: הכללים הדתיים, הגואל, הנביא, הנתיב לגאולה או הפרשנות למשמעות העליונה של החיים ושל האמת. תכונה זו של בלעדיות אינה נראית בדרך כלל בדתות המזרח הרחוק כגון הינדואיזם, בודהיזם, קונפוציאניזם, שינטואיזם וטאואיזם. במזרח הרחוק יכול אדם להתחיל את חייו כשינטואיסט, להינשא בטקס נישואין כפול שינטואיסטי ונוצרי ולהיקבר לבסוף בטקס הלוויה בודהיסטי, מבלי שיהיה לו צורך "לבחור" אחת מהדתות כדת ה-"נכונה". כיום אפילו הנצרות המערבית מאבדת חלק מטבעה הבלעדי, כפי שנראה ממספר זרמים דתיים העוסקים באופן מעמיק בשיח תיאולוגי בין-דתי ובפולחן דתי בין-קהילתי. ריבוי זרמים דתיים אינו תופעה מפתיעה והוא מובן לחלוטין לחוקרי דת החוקרים עיסוקים דתיים ממקור ראשון. למרות שיש לסיינטולוגיה קירבה רבה הן למסורת ההינדואיסטית והן למסורת הבודהיסטית, היא אינה לגמרי לא-בלעדית ואינה לגמרי בלעדית. סיינטולוגיה אינה מחייבת את חבריה להתכחש לאמונות דתיות קודמות או לחברות בכנסיות אחרות או מסדרים דתיים אחרים. הדבר תואם לאווירה העכשווית של ריבוי זרמים דתיים. אולם מבחינה מעשית, סיינטולוגים בדרך כלל מעורבים באופן מלא עם העיסוק בדת הסיינטולוגיה ואינם משאירים מקום לכל דת אחרת. בכל מקרה, הפתיחות לאנשים ממסורות דתיות אחרות אינה גורעת כהוא זה מהזהות הדתית הייחודית של סיינטולוגיה.