מקור הסיינטולוגיה בשנות השלושים של המאה העשרים, כאשר ל. רון האברד, אמריקאי שעתיד היה להיות מייסד הסיינטולוגיה, נסע ברחבי המזרח הרחוק ושאל את עצמו מדוע האדם חי חיים כל-כך אומללים. כאשר הוא שאל, בתור אדם צעיר, מאין הגיע האדם ולאן הוא הולך, אף אחד לא היה מסוגל לענות על שאלותיו.
בשנת 1950, מר האברד כתב ספר בנושא שהוא קרא לו 'דיאנטיקה' ("דרך המיינד"), ואשר היה מחקרו הראשוני בנושא המיינד. הספר, 'דיאנטיקה: המדע המודרני של בריאות הנפש', זכה לפופולאריות רבה, עד מהרה הפך לרב-מכר, ונמכרו ממנו יותר מ-17 מיליון עותקים. כאשר התנועה של דיאנטיקה גדלה והמחקר התרחב מתחום המיינד לתחום הרוח, נולד נושא חדש – סיינטולוגיה – והכנסייה הראשונה נוסדה ב-1954 בארה"ב. דיאנטיקה הגיעה ליפן זמן קצר לאחר מכן, אך ההתרחבות המיסיונרית הראשונה של סיינטולוגיה ביפן התרחשה בשנת 1962 ובכך החלה למעשה ההיסטוריה של סיינטולוגיה ביפן. ב-10 בספטמבר 1962 ניתנה ההרצאה הרשמית הראשונה ביפן בנושא סיינטולוגיה בפני אולם מלא מפה לפה.
מקור המילה "סיינטולוגיה" הוא מהמילה הלטיניות scio, שפירושה "לדעת במובן המלא ביותר של המילה", והמילה היוונית logos, שפירושה "לימוד של".
בספר 'סיינטולוגיה: יסודות המחשבה' מר האברד מסביר שהנושא נבע למעשה משורשי הפסיכולוגיה, אבל שאנו חייבים להבין שהוא לא נובע מהפסיכולוגיה העכשווית, אלא מהפסיכולוגיה העתיקה שנלמדה בדתות העולם לפני שמהותו הרוחנית של הנושא בוטלה במאה הקודמת.
הפירוש המילולי של המילה פסיכולוגיה הוא "לימוד הרוח". הפסיכולוגיה כיום איבדה משמעות זו ואינה מכירה ברוח כשטח לימוד לגיטימי. מהבחינה הזו סיינטולוגיה שונה ביותר, מכיוון שהיא אכן חוקרת את הרוח, כפי שעושות רוב הדתות הגדולות בעולם.
דתות בדרך כלל מסכימות שהרוח האנושית קשורה ל-"כוח החיים" הגדול של היקום. עם זאת, קשה להגדיר את המילה "רוח". יש הטוענים שהרוח היא למעשה המחשבה האנושית, המיינד. אך בסיינטולוגיה המונח "רוח" פירושו "העצמי" ומשמעותו רחבה יותר מאשר רק המיינד. בדת שינטו יפנית אחת, סייצ'י-נו-איֽה, מבוטא הדבר במה שניתן לתרגם כ-"ילדו של אלוהים". המובן קשור למילים היפניות "הימה" או "היקו". בסיינטולוגיה, מר האברד טבע את המילה תטן, מהמילה היוונית תטה שפירושה רוח, כי לא היתה מילה אחרת שהיתה יכולה לתאר את הרוח במובנה המלא.
דתות בדרך כלל מסכימות שהרוח האנושית קשורה ל-"כוח החיים" הגדול של היקום. יש הטוענים שהרוח היא למעשה המחשבה האנושית, המיינד. אך בסיינטולוגיה המונח "רוח" פירושו "העצמי" ומשמעותו רחבה יותר מאשר רק המיינד.
הטבעת מילים כדי לבטא מושגים חדשים שאין עבורם מילים קיימות אינה תופעה חדשה בשטח הדת. ביפן, המסטר קובודהישי, מייסד השינגון (פלג בודהיסטי אזוטרי גדול, עתיק ומסורתי מאוד) טבע מילים חדשות רבות שהיה צורך לפתח אותן כדי שניתן יהיה לעסוק בדת הזו.
אך עם זאת, סיינטולוגיה לא טבעה מילה חדשה עבור אלוהים. למרות שההתייחסות לאלוהים אינה חלק מהלימוד של סיינטולוגיה, ולחברים בסיינטולוגיה יש דעות משלהם לגבי מהות המושג הזה, המילים שמשתמשים בהן עבורו הן "הישות העליונה", ה-"מוחלט", "אחדות הכול", "בורא היקום" וכמובן "אלוהים".
בשונה מדתות אחרות, בסיינטולוגיה אין דוֹגמה מיוחדת לגבי המושג של אלוהים, אלא היא מאפשרת לכל אדם לפתח את הבנתו הוא לגבי איך הוא משתלב בעולם הזה ולגבי אופיים של דברים. ומנקודה זו יכולה לנבוע אמונה. כתוצאה מכך, נראה שהתלמידים בסיינטולוגיה לא מגיעים רק מכל אורחות החיים ומכל הלאומים, אלא גם מרקעים דתיים שונים ומגוונים. זה מאוד מקובל ביפן, ובמזרח הרחוק בכלל, להיות חבר ביותר מאשר דת אחת. בהתאם למסורת זו, חלק מהיפנים שלומדים סיינטולוגיה לא מוותרים על הדתות האחרות שלהם, אלא לפי הבנתו של כותב שורות אלה, משתמשים בלימודיהם של סיינטולוגיה כדי לחזק את התחייבותם הקודמת לדת כלשהי ואת אמונתם באלוהים. הדבר דומה מעט למנהגים בדת החדשה יחסית של השינטו, סיו-נו-איֽה, שחברים בה אנשים שהגיעו מהבודהיזם, מהנצרות ומדתות אחרות.
