בית-המשפט האירופי לזכויות האדם פרסם החלטה תמימת דעים היסטורית ב-5 באפריל 2007, לטובת דת הסיינטולוגיה, התומכת בזכות של סיינטולוגים וההתאחדויות הדתיות שלהם לחופש דת. להחלטה זו היתה השפעה על כל ארבעים-ושש המדינות, לרבות רוסיה, שחתמה והתחייבה לאמנה האירופית להגנת זכויות אדם וחירויות יסוד, שאומצה על-ידי מועצת אירופה ב-1950. עם הפסיקה לטובת ארגון הסיינטולוגיה, בית-המשפט אישר מחדש את הזכות לחופש הדת לא רק לסיינטולוגים, אלא גם לחברי כל הדתות ברחבי אירופה.
בית-המשפט לזכויות האדם בתביעה הנקראת ארגון הסיינטולוגיה של מוסקבה נגד רוסיה (פנייה מס׳ 02/18147), ביטל את הסירוב של הממשל העירוני של מוסקבה לרשום את ארגון הסיינטולוגיה של מוסקבה כארגון דתי. ארגון הסיינטולוגיה של מוסקבה נרשם באופן רשמי בתור התאחדות דתית בינואר 1994, אבל רישומו נשלל תחת החוק של 1997 המגביל את רישומם של ארגונים דתיים, בעוד שלפי מספר החלטות של בית-המשפט, הארגון עמד בכל הדרישות כדי לקבל את הרישום במסגרת החוק.
בית-המשפט פסק:
״לאור פסק-הדין שלעיל של בית-המשפט, לסיבות שצוינו על-ידי משרד המשפטים של מוסקבה ואומצו על-ידי בתי-המשפט של מוסקבה לשלול את הרישום החוזר של סניף המבקש לא היה בסיס משפטי, אפשר להסיק מכך, שבסירוב הרישום של ארגון הסיינטולוגיה של מוסקבה, הרשויות של מוסקבה ״לא פעלו בתום לב וזנחו את מחויבותם לניטרליות ואובייקטיביות בהתייחסם לקהילה הדתית של מגיש הבקשה. לאור האמור לעיל, בית-המשפט מאמין שמניעת הזכות לחופש דת והתאגדות של מגיש הבקשה היתה לא מוצדקת. אי לכך זוהי הפרה של סעיף 11 של האמנה כפי שהיא מובנת לאור סעיף 9.״
משפט זה הוא מאוד משמעותי מאחר שהוא מאשר שבהתאם לפסיקתו של בית-המשפט האירופי לזכויות האדם, ארגון הסיינטולוגיה, בדומה להתאחדויות דתיות חדשות אחרות בקהילה האירופית, זכאי לאותה הזכות להתאגדות והזכות לדת כמו כל שאר ההתאחדויות הדתיות האחרות הכפופות לאמנה.
ב-24 בספטמבר 2007, ההחלטה תמימת דעים של בית-המשפט לזכויות האדם מה-5 באפריל 2007 הפכה לסופית, ואישרה שארגון הסיינטולוגיה זכאי לזכויות לחופש הדת, כמו כל ארגון דתי אחר, והוא מוגן בסעיף 9 של האמנה האירופית להגנת זכויות אדם.
התביעה של ארגון הסיינטולוגיה של מוסקבה נגד רוסיה מאשרת מחדש ומבססת באופן מוחלט את מה שמומחים לזכויות האדם, אנשי אקדמיה ואינספור בתי-משפט לאומיים כבר פסקו: שסיינטולוגיה היא דת לגיטימית ושארגון הסיינטולוגיה הוא קהילה דתית הזכאית להיקף המלא של זכויות האדם וזכויות לחופש דתי המוענקות לארגונים כאלה.
התביעה של ארגון הסיינטולוגיה של מוסקבה נגד רוסיה עומדת בתור החלטה היסטורית המשפיעה על חופש הדת ברחבי אירופה, מאחר שההחלטה השפיעה ותשפיע, בעתיד, על זכויות הדת בכל המדינות הכפופות לבית-המשפט לזכויות אדם.
ב-1 באוקטובר 2009, החלטה היסטורית נוספת המגנה על חופש הדת ניתנה על-ידי בית-המשפט האירופי לזכויות אדם, בתביעה של ארגון הסיינטולוגיה ב-קימליה ואחרים נגד רוסיה. בית-המשפט פסק פה אחד לטובת שתי קבוצות דתיות ברוסיה, ופסק שיש להן את הזכות להיות רשומות כארגונים דתיים תחת החוק הרוסי. ההחלטה קבעה שלקבוצות האלו ולמייסדים של ארגון הסיינטולוגיה של סורגוט וארגון הסיינטולוגיה של ניזנקאמסק יש את הזכות לחופש דתי ואת הזכות לחופש ההתאגדות בכפוף לסעיפים 9 ו-11 של האמנה האירופית לזכויות אדם.
בהגיעו להחלטה הזאת, בית-המשפט ״הכיר בכך שנבצר ממגישי הבקשה לקבל הכרה ובכך ליהנות באפקטיביות מהזכויות שלהם של חופש הדת והתאגדות בכל צורה ארגונית. מגיש הבקשה הראשון לא יכול היה להשיג רישום לקבוצת סיינטולוגיה בתור ישות חוקית לא דתית כי היא נחשבה לקהילה דתית על-ידי הרשויות הרוסיות. הבקשות לרישום כארגון דתי שהוגשו על-ידי מגיש הבקשה הראשון והשני בתור המייסדים של הקבוצות שלהם וגם מטעם מגיש בקשה שלישי נדחו בתואנה שהקבוצות לא קיימות במשך מספיק זמן. לבסוף, למעמד המוגבל של קבוצה דתית, מעמד שלו הם היו זכאים ושלמגיש הבקשה השלישי היה מעמד לא היתה תועלת מעשית או אפקטיבית מכיוון שנשללה מהקבוצה אישיות חוקית, זכויות קניין וכשירות משפטית להגן על האינטרסים של החברים בה וזה גם הקשה באופן חמור על ההיבטים הבסיסיים של הפעילות הדתית שלה. לכן, בית-המשפט מוצא שהיתה התערבות בזכויותיהם של מגישי הבקשה לפי סעיף 9 המפורש לאורו של סעיף 11״.
בית-המשפט האירופי לזכויות אדם בחן מחדש את הסירוב של ממשלת רוסיה לרשום קבוצת דת של סיינטולוגיה כארגון דתי תחת חוק הדת מ-1997 בתביעה של ארגון הסיינטולוגיה של סנט-פטרבורג ואחרים נגד רוסיה (בקשה מס׳ 06/47191). מקבוצת הסיינטולוגיה של סנט-פטרבורג נשלל הרישום במסגרת חוק הדת בטענה שהם לא היו קיימים במשך חמש-עשרה השנים שקדמו לרישום, כפי שדורש חוק הדת מ-1997.
בהתייחסו להחלטה בנוגע לקבוצות דתיות של סיינטולוגיה בקימליה, בית-המשפט האירופי לזכויות אדם פסק שהמעמד המגביל של קבוצות דתיות שלא היו יכולות להירשם תחת חוק הדת מ-1997 ״לא אפשר לחברי קבוצה כזו ליהנות בצורה יעילה מהזכות שלהם לחופש דת, והופכת את הזכות הזאת לאשליה ותיאורטית, לא מעשית ולא יעילה״. בהתאם לכך בית-המשפט מצא כי מתברר שהסירוב של הממשלה הרוסית, לרשום את קבוצת הסיינטולוגיה הדתית בתור ארגון דתי מסתכמת במניעת הזכות לחופש דת המובטחת על-ידי סעיף 9 של האמנה האירופית לזכויות אדם ומפורשת לאור הזכות להבטחת חופש ההתאגדות על-ידי סעיף 11 של האמנה.
״בסירוב הרישום של ארגון הסיינטולוגיה של מוסקבה, הרשויות של מוסקבה לא פעלו בתום לב וזנחו את מחויבותם לניטרליות ואובייקטיביות בהתייחסם לקהילה הדתית של מגיש הבקשה. לאור האמור לעיל, בית-המשפט מאמין שמניעת הזכות לחופש דת והתאגדות של מגיש הבקשה היתה לא מוצדקת. אי לכך זוהי הפרה של סעיף 11 של האמנה כפי שהיא מובנת לאור סעיף 9.
לחופש הדת בבית-המשפט האירופי לזכויות אדם״