ארגון הסיינטולוגיה מוכר רשמית בתור דת בספרד. ב-31 באוקטובר 2007, בית-המשפט הלאומי במדריד פרסם החלטה היסטורית תמימת דעים המאשרת את הזכות לחופש דתי בספרד על-ידי ההכרה שארגון הסיינטולוגיה הלאומי של ספרד הוא ארגון דתי הזכאי להיקף המלא של הזכויות הדתיות הנובעות מהכניסה לרישום של ישויות דתיות של הממשלה.
ההכרה הזאת ציינה את סופו של עידן שבו הסיינטולוגים בספרד נאלצו להילחם למען זכויותיהם לחופש דת. זה זיכה מאשמה את ארגון הסיינטולוגיה בספרד וסימל התחלה חדשה עבור כל הסיינטולוגים בספרד.
היום, אין שום ספק לגבי המעמד הלגיטימי של סיינטולוגיה בתור אחת הדתות העולמיות. התיאולוגיה, העיסוק הדתי וההתארגנות של סיינטולוגיה פותחו במלואם, על פי ההגדרה של דת. הדת מקיפה וכוללת אלפי ארגונים, מרכזים וארגונים קשורים של סיינטולוגיה בכ-167 מדינות, כולם מאוחדים על-ידי שאיפה דתית משותפת ומשרתים מיליוני איש.
בית-המשפט הלאומי בדק ביסודיות את מסמכי ההקמה של ארגון הסיינטולוגיה, היעדים והמטרות וקבע באופן חד-משמעי שלארגון הסיינטולוגיה הלאומי של ספרד יש את הזכות להירשם כדת תחת החוק הספרדי. באופן ספציפי, בית-המשפט הלאומי קבע שהזכות של ארגון הסיינטולוגיה להירשם בתור ארגון דתי מהווה ביטוי לזכות שלו לחופש דתי ולזכות למנהגים קולקטיביים של דת הסיינטולוגיה.
בהגיעו למסקנה זו, בית-המשפט חזר ואישר את העיקרון ״שהרישום של ישות דתית במשרד הרישום מרמז, מעל לכול, הכרה במעמד המשפטי שלה בתור קבוצה דתית, כלומר, הזיהוי וההכרה של החוק בקבוצת אנשים המתכוונים לממש, עם הגנה מפני כפייה, את זכות היסוד שלהם לעיסוק קולקטיבי בחופש הדת כפי שנקבע לפי סעיף 5.2 של החוק הספרדי לחופש דתי״.
״המשרד הממשלתי החליט להעניק רישום
של ישות דתית הנקראת
IGLESIA DE SCIENTOLOGY DE ESPANA ... בהתאם לתנאים המפורטים בחוק לפי סעיף 5
של החוק הבסיסי 7/1980 של חופש הדת,
כדי להבטיח את העיסוק בפעילויות שלהם
בהתאם לתנאים המפורטים בתקנה שבוססה.״
