בינואר 1988 ארגון הסיינטולוגיה של פורטוגל הוכר רשמית כארגון דתי. ב-2001, פורטוגל חוקקה חוק חדש לגבי דת, שדורש מדתות מסוימות, כולל סיינטולוגיה,
״לכבוד הוא לי להודיע להוד מעלתך שהכנסנו לתוקף את הרישום והפירוש, של ארגון הסיינטולוגיה של פורטוגל, כישות דתית קולקטיבית תחת מספר 677/20070907״.