בקרואטיה, החוק של 2002 לגבי העמדה המשפטית של קהילות דתיות מגדיר בהרחבה את העמדות החוקיות של הקהילות הדתיות וסוקר עניינים כגון מימון ממשלתי, הטבות מס וחינוך דתי בבתי-ספר. הרישום של קבוצות דתיות אינו מחייב. עם זאת, לקבוצות הרשומות יוענק מעמד של ״אדם חוקי״ והן זכאיות להטבות מס והטבות אחרות.
ארגון הסיינטולוגיה של קרואטיה נרשם באופן רשמי בתור ארגון דתי ב-22 בדצמבר 2003 ברישומי הקהילות הדתיות ברפובליקת קרואטיה. משרד המשפטים לא רק הכיר בארגון הסיינטולוגיה של קרואטיה; הוא גם הכיר בדת הסיינטולוגיה כדי שבעתיד גם ארגוני סיינטולוגיה דתיים אחרים יוכלו להירשם.
״ארגון הסיינטולוגיה בקרואטיה אושר להיכנס ... ברישומי הקהילות הדתיות ברפובליקת קרואטיה.״
