דרישות הממשלה להכרה חוקית של קבוצות דתיות בניקרגואה דומות לדרישות עבור שאר הארגונים הלא-ממשלתיים. קבוצה חייבת להגיש בקשה עבור מעמד חוקי, שאותו בית-המחוקקים הלאומי חייב לאשר. לאחר האישור, הקבוצה חייבת להירשם במשרד הממשלה בתור התאחדות או מוסד.
ארגון הסיינטולוגיה הגיש בהצלחה בקשה להכרה בתור ארגון דתי. על פי צו 4734 של נשיא רפובליקת ניקרגואה, שפורסם ביומן הרשמי ב-7 בספטמבר 2006, ארגון הסיינטולוגיה של ניקרגואה נרשם כהתאחדות דתית.
״נשיא רפובליקת ניקרגואה ובית-המחוקקים הלאומי של רפובליקת ניקרגואה פסקו כדלקמן: הענקת מעמד משפטי להתאחדות של ארגון הסיינטולוגיה של ניקרגואה, כארגון ללא כוונת רווח, לשכון בעיר מנגואה, מחוז מנגואה,
לזמן בלתי מוגבל״.
