מבחינה גלובלית, דת הסיינטולוגיה בנויה מארגונים שונים בעלי שמות שונים, בהתאם למעמדם וגודלם.
ברמה הנמוכה ביותר נמצאים מרכזים וקבוצות של סיינטולוגיה ודיאנטיקה. אלו הן קהילות קטנות של סיינטולוגים, שמובילים אותן יועץ רוחני מוסמך אחד או יותר, והן מספקות את השירותים הבסיסיים של יעוץ רוחני, טקסים דתיים, וכן נותנים שירות לאלה המגיעים כדי ללמוד את הכתבים של סיינטולוגיה, אך ברמה הנמוכה ביותר. יועצים רוחניים אלה אינם מורשים להסמיך או להכשיר יועצים רוחניים, וכן הם אינם מוסמכים לספק את שירותי האודיטינג הדתי של רמות ה-OT (קיצור של Operating Thetan).
ברמה הבאה נמצאים ארגוני הסיינטולוגיה. ארגונים אלה מורשים להכשיר ולהסמיך יועצים רוחניים, והם מספקים שירותי אודיטינג עד לרמה של 'קליר'.
מעל אלה קיימים הארגונים המתקדמים. ארגונים אלה מכשירים את היועצים הרוחניים ברמה הגבוהה ביותר והם מספקים יעוץ רוחני בחלק מרמות ה-OT.
ארגון הסיינטולוגיה שנקרא 'ארגון השירות של פלאג', בקלירווטר, פלורידה, הוא הארגון המתקדם שנמצא ברמה הגבוהה ביותר מכל הארגונים המתקדמים. ארגון זה מכשיר אנשים לתפקידי הייעוץ הרוחני ברמות הגבוהות ביותר, וסיינטולוגים מגיעים לשם על מנת לעלות לרמות הגבוהות של OT.
ארגון מיוחד הוא ארגון הסיינטולוגיה שנמצא על אונייה בשם Freewinds, אונייה שפועלת באיים הקאריביים. ארגון זה מספק רמת OT מיוחדת שלא ניתן לקבלה בכל ארגון אחר.
סוג מבנה זה של שירותי דת נמצא בכל הדתות הידועות למעשה: רמות ההכשרה השונות של כהני הדת אינן נגישות בכל המרכזים אלא רק במוסדות המרכזיים (רומא, טיבט, תל-אביב, מכה). שם יכולים השליחים, הנזירים או הכמרים לקבל הסמכה ברמה הגבוהה ביותר.
הקהילה הדתית של הסיינטולוגיה בנויה כקהילה ממשית של יועצים רוחניים וחברי קהילה העוסקים בדת, החיים יחדיו כקהילה, תוך מסירות מוחלטת למטרות של הדת ונטישת ההפרעות וההבלים הקיימים בעולם הזה.
לארגון הימי, שנקרא כך על שם הצוות המקורי שאייש את האניות שעליהן פיקד המייסד בתקופה המוקדמת, יש חמישה ארגונים מרכזיים ברחבי העולם שמבצעים תפקידים שונים. בנוסף, ישנן קבוצות של שליחים בעלי תפקיד בארצות רבות בעולם בהן סיינטולוגיה קיימת. 5 המפקדות האלה ממוקמות באיסט גרינסטד (בריטניה), קופנהגן, לוס-אנג'לס, קלירווטר וסידני. ב-5 המפקדות אלו, יותר מבכל מקום אחר, ניתן לחוש ברוח האמיתית של קהילה המוקדשת להרחבת הדת ולעיסוק הדתי. למרות שהיועצים הרוחניים של הסיינטולוגיה אינם מתחייבים לנזירות, קהילות אלה דומות בתפקודן ובמסירותן לקהילות של דתות רבות אחרות, כולל הכנסייה הקתולית. חברים בארגון הימי ממלאים תקנון אתיקה נוקשה ביותר הכולל קשרי מין אתיים ביותר עם בן או בת זוג אחד בלבד, התנזרות מוחלטת מכל שימוש בסמים, והקדשה מוחלטת של החיים להשגת מטרות הדת.
כמובן, הכשרת היועצים הרוחניים ברמות הגבוהות ביותר, מתן אודיטינג ברמות הגבוהות ביותר של OT, ניהול הרמות הגבוהות ביותר של הארגון ושמירת רמת האתיקה של סיינטולוגיה ברמה הבינלאומית היא בידיהם של חברי המסדר הדתי הקרוי 'הארגון הימי', שמקדישים את עצמם לפעילות זו בלבד.
